淨院近後山海會塔處設有關房，顧名思義，是作閉關修行之用。這個關房相當有名，不少高僧大德曾居於此，或短留，或長住。1941年，棲霞寺若舜老和尚攜律學院學僧松泉法師（即後來的法雨精舍創辦人）來港，據說後者戰時曾暫住關房避難。1948年春，虛雲老和尚在南華寺春期傳戒後，因六榕寺事來港。事緣戰後廣東佛教會以住持鐵禪和尚是漢奸為名，準備接收六榕寺。鐵禪和尚意欲將住持一職交予虛雲老和尚。老和尚分身不暇，予以拒絕。怎料其弟子寬鑑用手段取得住持之位，並在六榕寺內不守清規，敗壞宗風，虛雲老和尚只好登報與他脫離師徒關係。寬鑑最後竟偷取寺藏的文物偷運香港，當中包括遼代佛像、玄奘法師的頂骨、明末澹歸和尚的手稿等。虛雲老和尚得知後大為震驚，不得不來港親自處理，追回文物。據老和尚弟子岑學呂居士編寫的《虛雲和尚年譜》所載[1]，老和尚這次來港，住在慈航淨院，除講經之外，又應智林法師之邀請，結念佛七及傳授三皈五戒。

除了虛雲老和尚外，華梵大學創辦人曉雲法師亦曾在關房居住過一段頗長日子。其時尚未出家，以游雲山居士身份興辦文教事業。1951年底法師完成在泰戈爾大學美術院的教研工作，從印度回港，任教寶覺佛學社及寶覺女子職業中學。許多學生都邀請法師到她們的道場參觀，而法師亦有意找一所清幽的寺院閉方便關。當時陳淨明是寶覺的學生，便與姊姊智海法師邀請與曉雲法師到淨院住。曉雲法師對此關房慕名已久，要求入住，獲淨院答允。於是1952年起法師便住在那裏，直到1955年5月環宇周行，仍然是以淨院為家。

1958年11月法師周行完畢，準備啟程回港。此前法師已先自行削髮易服，抵港後本欲在大嶼山昂平掩關，卻擋不住佛教人士、文教界師友及雲門學園弟子的請求，半個月後又回到淨院居住，直到1963年。法師在淨院期間，撰寫隨筆、日記，後來由弟子整理成《淨苑隨筆》及《四時散記》二書。在法師的詩集《清哦集》中亦有一首〈淨苑關房〉，簡單描寫了這段借住時光的情景：「借住關房滿七年，竹梢窗下晚風煙。夜來抽暇依燈課，講述經中般若禪。」

曉雲法師在淨院期間，得智林法師及常住眾關照，創辦雲門學園，旨在以佛學、文化、藝術培養智慧，啟發性靈，幽居自然環境陶冶高尚生活。法師又聯同新亞書院董事長趙冰、唐君毅等人創辦原泉出版社，發行《原泉》雜誌，取其「健行不息、法樂無量」之意。唐君毅因與法師相交甚篤，與淨院亦因緣不淺。